Według starych podań przekazywanych z pokolenia na pokolenie Kłyżów ma takie początki: Dawno temu, przed wiekami w Polsce było niewiele osad miejskich i wiejskich. Kraj pokrywały ogromne, nieprzebyte puszcze, pełne dzikiej zwierzyny. Tylko gdzieniegdzie znajdowały się niewielkie osady ludzkie. Właśnie wtedy w Puszczy Sandomierskiej odbywały się wielkie łowy królewskie. Podczas łowów goniący za zwierzyną myśliwi dotarli do miejsca gdzie rzeka San swymi licznymi rozlewiskami czyniła niedostępne knieje jeszcze trudniejszymi do przebycia. Przez kilka dni myśliwy kluczyli szukając drogi powrotu. Przedzierając się przez zarośla widzieli bardzo dużo żółwi, które w sprzyjających warunkach rozmnożyły się bardzo licznie. Zmęczeni myśliwi dotarli wreszcie do niewielkiej osady ludzkiej, w której zatrzymali się aby odpocząć. Spali przez kilka godzin, a kiedy się zbudzili wypoczęci, jeden ze sług zaprowadził ich do odkrytego w zaroślach dziwnego znaleziska. Zdziwieni myśliwi ujrzeli wielkie kły, były tak wielkie, że z trudem mogło je podnieść dwóch silnych mężczyzn. Gdy myśliwi dowiedzieli się, że osada nie ma nazwy, przewodzący grupie myśliwych powiedział: ,,Niech ta osada nazywa się Kłyżółw na pamiątkę tych dwóch niezwykłych zjawisk jakie tutaj ujrzeliśmy" i tak też się stało.
Z biegiem lat osada się rozrosła, a nazwa przekształciłą się na - Kłyżów. Najstarsza wzmianka o istnieniu Kłyżowa pochodzi z roku 1604r. (Archiwum Metropolitarne w Krakowie - Acta visitationis 1604r.) Z kolejnego dokumentu Villa Klyzow (1606r.) dowiadujemy się, że wieś składałą się z 14 gospodarstw, miała własną karczmę i młyn, który pracował okresowo. Od ok. 1665r. Kłyżów należał do niżańskiego klucza dóbr królewskich - największego z trzech istniejących na terenie Puszczy Sandomierskiej.